การเปลี่ยนแปลงของฮอร์โมน ระยะที่สองของวัยแรกรุ่น gonadarcheเริ่มขึ้นในอีกหลายปีต่อมาและเกี่ยวข้องกับการผลิตฮอร์โมนที่เพิ่มขึ้นซึ่งควบคุมการเจริญเติบโตทางร่างกายและทางเพศ วัยแรกรุ่นเกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงทางสรีรวิทยาที่โดดเด่นในด้านความสูง น้ำหนัก องค์ประกอบของร่างกาย ระบบไหลเวียนโลหิตและระบบทางเดินหายใจ และในช่วงเวลานี้ ต่อมหมวกไตและต่อมเพศจะเติบโตเต็มที่ การเปลี่ยนแปลงเหล่านี้ส่วนใหญ่ได้รับอิทธิพลจากกิจกรรมของฮอร์โมน วัยรุ่น  ฮอร์โมนหลายชนิดมีส่วนช่วยในการเริ่มต้นของวัยแรกรุ่น แต่ที่โดดเด่นที่สุดคือฮอร์โมนเอสโตรเจน ที่เร่งรีบ สำหรับผู้หญิงและเทสโทสเตอโรนสำหรับผู้ชาย ฮอร์โมนมีบทบาทในองค์กร (เตรียมร่างกายให้ทำงานในลักษณะใดลักษณะหนึ่งเมื่อเริ่มเข้าสู่วัยแรกรุ่น) และมีบทบาทในการกระตุ้น(ก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงพฤติกรรมและร่างกายบางอย่าง) ในช่วงวัยแรกรุ่น ความสมดุลของฮอร์โมนของวัยรุ่นจะเปลี่ยนไปสู่สภาวะผู้ใหญ่อย่างมาก กระบวนการนี้ถูกกระตุ้นโดยต่อมใต้สมองซึ่งจะหลั่งสารฮอร์โมนเข้าสู่กระแสเลือดและเริ่มปฏิกิริยาลูกโซ่